Starty Martina Prokopa v seriálu sprintrally s vozem Škoda Felicia v roce 2001 byly předzvěstí jeho postupu vzhůru. V rychlém sledu vystřídal nejrůznější evoluce vozu Mitsubishi Lancer Evo, na konci sezony premiérově objevil na startu Horácké Rally Třebíč (MMČR v rally). Se šestou evolucí lanceru pokračoval i nadále, navíc pod hlavičkou vlastního týmu Jipocar Racing. Kromě domácích startů se Martin poprvé představil i za hranicemi Česka, na rakouské Rally Waldviertel. V sezoně 2003 pokračoval ve sbírání zkušeností se „sedmičkou“. Celkem odjel kolem dvaceti závodů, v závěru roku startoval na Pražském rallysprintu s vozem Škoda Octavia WRC, se kterým absolvoval i následující sezonu.

Právě s vozem Škoda Octavia WRC vybojovala posádka Martin Prokop - Petr Novák při Mogul Rally Šumava 2004 vítězství. V konečném pořadí šampionátu skončil jihlavský mladík na pátém místě.

Martina to stále více táhlo na světové tratě. Zajímavou alternativou se staly seriály JWRC a v dalších sezonách PCWRC a SWRC.

V JWRC debutoval s vozem Suzuki Ignis S1600 v roce 2005 při Rally Monte Carlo. Přitom zahájil spolupráci se zkušeným navigátorem Petrem Grossem. Mezi juniory dosáhl nejlepšího výsledku v Katalánské rally (5. místo JWRC). V následující sezoně došlo k mnoha změnám. Jipocar Racing vsadil na značku Citroën, model C2 S1600, vedle Martina se objevil Jan Tománek. Při Katalánské rally 2006 získali premiérový triumf v JWRC.

Třetí sezona v JWRC přinesla Martinovi čtyři výsledky na stupních vítězů, včetně dvou vítězství v Německu a na Korsice. V konečném hodnocení JWRC dosáhl Martin Prokop na třetí místo. Svůj program v mistrovství světa rally navíc rozšířil o tři starty s produkčním Mitsubishi Lancer Evo IX.

V sezoně 2008 se Martin Prokop s Janem Tománkem zúčastnili JWRC a nově i PWRC (mistrovství světa produkčních vozů). V JWRC třikrát zvítězili (Finsko, Katalánsko a Korsika) a v celkovém pořadí obsadil třetí příčku. V PWRC se jejich nejlepším výsledkem stalo vítězství na Novém Zélandu.

Sezona 2009 se doposud stala pro Martina nejúspěšnější. Ve všech pěti podnicích JWRC buď zvítězil (Kyperská rally, Rally Sardinia, Finská rally), nebo skončil na druhém místě (Irská rally, Polská rally) a díky těmto výsledkům se zaslouženě stal juniorským mistrem světa. Dařilo se mu také v PWRC, v němž v průběhu sezony čtyřikrát vystoupil na stupně vítězů (vítězství v Australské rally a Britské rally) a stal se vicemistrem šampionátu.

Další budoucnost Martin spojil se značkou Ford. Jipocar Racing vsadil na žhavou novinku „modrého oválu“, speciál Ford Fiesta S2000. V sezoně sbíral solidní výsledky, chybělo mu však vítězství a s tím spojený maximální bodový zisk. Proto uzavřel sezonu v SWRC na konečném třetím místě za Ponsem a Sandellem. Rok 2011 začal o poznání lépe, když po vyloučení Al Attiyaha získal v Mexiku body za prvenství v hodnocení SWRC. Bohužel na tento výsledek už nenavázal. V nabité konkurenci Martin podruhé v kariéře obsadil v hodnocení SWRC třetí místo. Tentokrát byli nad jeho síly Hänninen a Tänak.

Na konci roku 2012 představil Czech Ford National Team unikátní projekt startů s vozem Ford Fiesta RS WRC. Na sedadle spolujezdce se objevil Zdeněk Hrůza. Tým plánoval starty na vybraných podnicích MS, prozatímním vrcholem se stala fantastická čtvrtá příčka z Argentiny. Ze statistického hlediska se jedná o nejlepší výsledek českého jezdce v historii světového šampionátu.